種的蔥爛根與積水漚根、連作重茬、根蛆爲害、澆蔥水源污染、除草劑藥害等原因有關。澆水過多,導致土壤積水,根部會腐爛;連年重茬,土壤中病菌較多,易造成蔥的根不腐爛;若除草劑使用不當,也會造成藥害,引起蔥生長受限,葉片發黃乾枯,根部腐爛;除了病害危害,地下害蟲害也會造成蔥的根部腐爛,比如根蛆會咬食大蔥根部,給病菌可趁之機,造成根部腐爛。