馬來王豬籠草的品種分類

馬來王豬籠草與許多其他豬籠草之間存在自然雜交種，並與之同域分佈。因馬來王豬籠草在一年中的任何時候都可以開花，所以自然雜交種相對容易出現。查爾斯·克拉克認爲，“馬來王豬籠草的花粉可以傳播到相當遠的地區。因此，在一些附近不存在馬來王豬籠草的地區也可以發現馬來王豬籠草的自然雜交種”。不過它的花粉最遠也只能傳播10公里。已發現了馬來王豬籠草與基納巴盧山上的所有豬籠草之間的自然雜交種。因爲馬來王豬籠草的自然雜交種會繼承其生長速度緩慢的特點，所以其很少被用作爲工人雜交的親本。
現已知的馬來王豬籠草自然雜交種：
N. burbidgeae × N. rajah [=N. × & Wilcock (1992)]
N. edwardsiana × N. rajah
N. fusca × N. rajah
N. lowii × N. rajah
N. macrovulgaris × N. rajah
N. rajah × N. stenophylla
N. rajah × N. tentaculata
N. rajah × N. villosa [=N. × ta (1976) .]
在基納巴盧山國家公園的“山地花園”中有大量生長良好的豬籠草，其中包括了馬來王豬籠草與窄葉豬籠草的自然雜交種。該自然雜交種的葉片類似窄葉豬籠草，而籠蓋和籠翼與馬來王豬籠草一致。其脣受窄葉豬籠草影響較大，但在籠蓋的邊緣又存在長毛，呈現其父母本的中間型。其生長於海拔1500米至2600米的地區。
馬來王豬籠草的自然雜交種中有兩種已被命名，分別爲阿里豬籠草和基納巴盧山豬籠草。其都已列入《瀕危野生動植物種國際貿易公約》附錄二中，同時被世界自然保護聯盟列爲易危物種。
阿里豬籠草（N. × alisaputrana）得名於沙巴公園前董事長拿督·拉姆裏·阿里。其僅存在於基納巴盧山國家公園，生長於海拔2000米開闊處的矮小植被中，基質爲蛇紋石土壤，常與豹斑豬籠草同域分佈。阿里豬籠草繼承了父母本雙方的性狀，特別是它繼承了馬來王豬籠草捕蟲籠巨大的尺寸，可高達35釐米，寬至20釐米。馬來王豬籠草的其他雜交種都沒有可以與之媲美的捕蟲籠。阿里豬籠草區別於豹斑豬籠草的特點是，其脣更寬，籠蓋更大；而區別於馬來王豬籠草的特點是，其籠蓋的結構不同，毛被爲棕色且較短，脣較窄而更接近於圓柱形，捕蟲籠的顏色通常爲黃綠色並具紅色或棕色的斑點。因此，安西婭·飛利浦和安東尼·蘭姆也將阿里豬籠草稱爲“豹紋豬籠草”。阿里豬籠草的脣爲綠色至暗紅色，具紫色的條紋。葉片爲略呈盾狀。阿里豬籠草很善於攀爬，很容易產生上位籠。
雖然阿里豬籠草的形態更接近馬來王豬籠草，但它們之間的區別仍很大，一般不易混淆。不過在阿德里安·斯萊克所著的《食蟲植物與種植》（Insect-Eating Plants and How to Grow Them）中仍將阿里豬籠草誤認爲是馬來王豬籠草。
基納巴盧山豬籠草（N. × kinabaluensis）是另一種已命名的馬來王豬籠草自然雜交種。其捕蟲籠也很巨大，但不如馬來王豬籠草和阿里豬籠草。其爲婆羅洲最著名的兩種豬籠草自然雜交而成：馬來王豬籠草和長毛豬籠草。基納巴盧山豬籠草僅存在於基納巴盧山及附近的坦布幼崑山，並與親本同域分佈。更具體來說，其存在於帕卡洞附近的步道及卡魯比斯河上游西岸的一個山脊的東南部。。唯一容易到達的分佈地位於基納巴盧山頂峯步道，拉央-拉央與直升機停機坪之間。原生地爲由陸均松屬（Dacrydium gibbsiae）及薄子木屬（Leptospermum recurvum）植物組成的樹林，海拔約2900米。基納巴盧山豬籠草的海拔分佈範圍爲2420米至3030米。原生地通常爲雲霧森林。
基納巴盧山豬籠草與馬來王豬籠草之間的區別在於，其存在突出的脣肋及細長的脣齒。脣邊緣擴展，籠蓋爲圓形或腎形，幾乎水平。一般情況下，其捕蟲籠大於長毛豬籠草。籠蔓與葉片的銜接處距離葉尖1至2釐米，該特徵繼承於馬來王豬籠草。成年植株的籠蔓幾乎是木質的。其捕蟲籠和葉片邊緣具絨毛，呈親本的中間型。下位籠具一對籠翼，而上位籠通常缺失。捕蟲籠爲黃色至血紅色。其比親本更容易產生上位籠。
基納巴盧山豬籠草呈其親本的中間型，可很容易的與婆羅洲的其他豬籠草屬植物區分開來。但其曾在《萊茨領你到食蟲植物世界》（Letts Guide to Carnivorous Plants of the World）中被誤認爲是馬來王豬籠草。
1910年，莉蓮·蘇澤特·吉布斯在堪巴蘭格附近首次採集到了基納巴盧山豬籠草。1914年，約翰·繆爾黑德·麥克法蘭將其稱爲“Nepenthes sp.”。雖然約翰·繆爾黑德·麥克法蘭沒有對其進行正式命名，但他指出“所有現有的形態細節表明其爲長毛豬籠草與馬來王豬籠草的雜交種”。