銀杏樹的球花雌雄異株,生在短枝頂端的鱗片狀葉的腋內,簇生狀,雄球花下垂,雄蕊排列疏鬆,具有斷更,花葯爲長橢圓形,2個,藥室縱裂。雌球花具有長梗,梗端通常是分兩叉,也有極少數是分3-5叉或不分叉,每一叉頂生一盤狀珠座,胚珠着生在上面。它的葉片觀賞價值高,因此花朵並不被人關注。