黃連的根狀莖為黃色,有分枝,具有很多的鬚根。葉子有很長的葉柄,長度約為5-12cm,葉片為卵狀的三角形。具有1-2條花葶,高度約為12-25cm左右,花瓣為線形或者是線狀的披針形。種子為長橢圓形,通常是有7-8粒種子。