真菌廣泛分佈於土壤表層，是分解有機質的主要微生物類群。真菌具有分枝的菌絲，菌圖６５真菌互交織形成菌絲體（圖６５）。土壤中真菌大多是好氣性的，所以在土壤表層發育良好，它們一般耐酸性，在ｐＨ５．０或更低的土壤中，細菌和放線菌的發育受到限制而真菌仍能生長。真菌對一些較穩定的主要植物成分如纖維素、半纖維素、果膠、澱粉、脂肪以及木質素有著較強的降解能力，特別是在酸性土壤中，真菌的作用更為重要。此外，真菌參與了腐殖質的形成和土壤團聚體的形成。
