種的葱爛根與積水漚根、連作重茬、根蛆為害、澆葱水源污染、除草劑藥害等原因有關。澆水過多,導致土壤積水,根部會腐爛;連年重茬,土壤中病菌較多,易造成葱的根不腐爛;若除草劑使用不當,也會造成藥害,引起葱生長受限,葉片發黃乾枯,根部腐爛;除了病害危害,地下害蟲害也會造成葱的根部腐爛,比如根蛆會咬食大葱根部,給病菌可趁之機,造成根部腐爛。