穀子病害有瘟病、鏽病、胡麻斑病、灰斑病等。其中瘟病多是因為穀子的種植密度太大，遇到連續高温、多雨天氣導致的，每年的8月份是發病的高峯期，建議提前噴灑藥物預防，一旦發現也要噴藥救治。鏽病多是施加的氮肥太多，植株栽種過密、地勢低窪導致的，降水多的年份鏽病發生普遍，且病害嚴重，必須及時救治處理。
