自花授粉和異花授粉的方法不同，自花授粉是同株植物的花粉，對同株植物的雌蕊授粉，異花授粉也就是不同植株、不同花朵之間的授粉。植物結構也是不同的，自花授粉是兩性花植物，可分爲同花雌蕊和和雄蕊之間授粉，也就是同花授粉，還有就是一個花序中不同花之間授粉，異花授粉就是雌蕊和雄蕊不是同花，有的都不是同株植物。
