飛燕草會開花。它的花序一般生長在莖和分枝的頂端，上面有3-15朵花，顏色多爲藍色或紫藍色。下部的苞片爲葉狀，上部的比較小，呈線形。萼片爲紫色、粉色或白色，多爲寬卵形，表面有柔毛。春季播種一般在9月開花，秋季播種則要等到第二年5月纔開。
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