微孔草分佈於陝西西南部，甘肅、青海、四川西部、雲南西北部（中甸以北）、西藏東部和南部。
微孔草生海拔3000-4500米（在青海東部和甘肅一帶海拔爲2000-3000米，在陝西西南部低達1900米）山坡草地、灌叢下、林邊、河邊多石草地，田邊或田中。
微孔草在錫金、尼泊爾、不丹和印度（東北部）也有分佈。
