花菖蒲與鳶尾生長環境是不同的，花菖蒲一般是生長在水田、溪流以及沼澤地的，而鳶尾則生長在林緣、水邊的溼地。開花時間也是不同的，前者的花期是在6-9月份，花朵也會略大一些，後者的花期是在春季的4-6月份，花朵會相對較小。此外，果實形狀也不同，前者植物果實爲長圓形，後者爲倒卵形或是橢圓形。
